Bio - Tech - Business

Cette fois, ce n’est pas un entrepreneur, mais un chercheur que j’interviewe.
Véronique Billat, prof à l’université d’Evry, dirige le laboratoire de physiologie de l’exercice(LEPHE) à la Génopole d’Evry. Elle est leader mondiale dans la physiologie du sport. Elle décortique les capacités de sportifs d’athlètes internationaux et de tout niveaux pour comprendre pourquoi et comment l’entrainement permet d’augmenter les performances sportives.

Cet été, Véronique a fait une première mondiale : la mesure complète des paramètres physiologiques (O2, CO2, FC, etc) de sportifs entraînés ou non à la haute montagne lors de l’ascension du Mont Blanc (voir ce précédent billet). Elle explique dans cette vidéo les résultats, qui intéresseront au plus haut point les alpinistes du dimanche, mais aussi les himalayistes.

J’ai lu dernièrement dans un tout petit filet de la Tribune que le décret de création de l’Agence de l’Evaluation de le Recherche a été publié. Tiens ! Je n’avais jamais entendu parler de cela ==> Je creuse.
Renseignement pris (ici), cette structure a l’air intéressante :

Une Agence d’évaluation de la recherche (AER) sera désormais chargée de l’évaluation des activités de recherche conduites par les établissements publics, quel que soit leur statut, et par leurs unités de recherche. Elle donnera un avis sur les procédures mises en place par les établissements pour évaluer leurs personnels et sur les conditions dans lesquelles elles sont mises en oeuvre. Elle participera à l’évaluation des formations doctorales dispensées dans les établissements d’enseignement supérieur et de recherche.
La forme juridique choisie – celle d’une autorité publique indépendante – permettra en particulier que soit respecté le principe selon lequel l’évaluation doit être distincte de l’échelon décisionnel qui en tire les conséquences effectives.

Les principes de l’évaluation :

• Une évaluation systématique
• Une évaluation de qualité
• Une évaluation transparente
• Une évaluation suivie de conséquences

Plus d’information sur le site www.pactepourlarecherche.fr

Mais en googlant le sujet, je constate que cela est resté TRES DISCRET pour des RAISONS POLITIQUES. En gros, les syndicats et la gauche n’apprécient pas les principes de cette évaluation.

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Séquencer 100 génomes humains en 10 jours, ce n’est pas encore faisable. Mais cela vaut 10 millions de dollars

Le site web : http://genomics.xprize.org/

Le communiqué de presse :

X Prize offre 10 millions de dollars séquencer rapidement le génome humain

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A lire absolument : le reportage dans Le Point de la première des expéditions scientifiques de mon amie Véronique Billat au sommet du mont blanc, ainsi que Le programme de la cordée des ambassadeurs, 20 au 24 août 2006.

Toute les informations et reportages sont sur le site de Véronique Billat.

J’ai publié une vidéo où elle explique ce qu’elle a découvert lors de cette expérience.

Le billet le plus lu ce trimestre est, de très loin, Non ! La consultation des brevets français ne doit pas être payante (442 fois en 90 jours). Il fait suite au billet L’INPI enfreint-il le principe fondamental du brevet : la publication ?

Le sujet est d’intérêt national, mais personne n’a laissé de commentaire.

Est-ce que cela ne gène personne de ne pas pouvoir trouver aisément et gratuitement les glorieuses inventions que nos ingénieurs et scientifiques ont versées dans le domaine public ?

Si oui, ou si non, je vous propose de prendre position en laissant un commentaire ci-dessous.

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Voici un extrait d’un article publié dans Biotech Info sur le sujet des cellules souches sur lequel j’ai ironisé dans mon billet Faites de la biotech, pas l’amour

« Hypocrisie ! lance Marc Peschanski. Autant les parents en acceptation d’un Diagnostic Pré-Implantatoire pourraient ne pas voir d’inconvénient à ce que l’on utilise la cellule prélevée pour l’examen, autant ceux qui font appel à une FIV, ne voudront certainement pas prendre le risque. Cette publication est un scandale inouï, tonne-t-il. Sait-on si plus tard, l’extraction de ces cellules n’entraînera pas des susceptibilités à telle ou telle maladie ? »

Marc Peschanski est directeur de l’Institut des cellules souches pour le traitement et l’étude des maladies monogéniques à Evry.

Je suis absolument de son avis sur les risques.
En revanche, je pense que de nombreux parents voudront faire une conservation de cellules souches.

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Un programme parfait pour une finalité idéale :

• Supprimer toutes les maladies héréditaires, les susceptibilités génétiques peu souhaitables,
• Soigner toutes les pathologies dégénératives,
• Vaincre le cancer,
• Regénérer les organes usés par le temps ou les accidents.

Tant d’avancées, avec un tout petit sacrifice :

• Renoncer à la méthode physiologique ancestrale de la reproduction

Pour l’amour de nos enfants, je propose en effet de ne préconiser plus qu’une seule méthode de conception : la FIV-CSSE. La Fécondation In-Vitro avec Culture de Cellules Souches Embryonnaires.

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Cette nouvelle intéressera les spécialistes de la méthanisation.

La société Schmack Biogas AG a développé un procédé de purification du biogaz grâce à des micro-algues. Celui-ci doit dorénavant être optimisé à l’échelle pilote dans un projet qui durera jusqu’à mars 2008 et sera financé par l’agence allemande des matières premières renouvelables FNR. Ce procédé est économique et respectueux de l’environnement. Les tests sont réalisés dans trois photo-bioréacteurs afin de déterminer les meilleures conditions de croissance des algues ainsi que celles où elles captent le plus de CO2, polluant du biogaz. En effet, le CO2 est nécessaire à la photosynthèse et à la croissance des algues. De même, moins le biogaz contient de CO2, plus il est riche en méthane et plus il est effectif d’un point de vue énergétique. Enfin, les algues qui poussent plus vite grâce à l’apport de CO2 peuvent ensuite être recyclées en biomasse également pour produire de l’énergie.

Vu sur le bulletin économique Allemagne de Ministère des Affaires Etrangères.

Une initiative originale et intéressante pour financer la recherche :

En 2006, 2006 entreprises s’unissent en apportant chacune 2006euros pour financer une plateforme de radiothérapie d’excellence au sein du 1er centre de lutte contre le cancer en Europe.

Voir sur le site de DEFI 2006 de l’Institut Gustave Roussy.

En fait de thérapie cellulaire, il s’agit plus de réparation/regénération des organes.

Australian research breakthrough in growing human organs
Researchers from the Bernard O’Brien Institute of Microsurgery at Melbourne’s St Vincent hospital and the University of Melbourne’s surgery department have used the technique to successfully grow breast tissue, fat, muscles and pancreas tissue that secretes insulin, he said. La suite

Comment réparer une vessie

Les biotechnologies vont-elles apporter un changement majeur dans la réponse à des pathologies touchant la vessie et, demain, d’autres organes creux ? Les travaux de l’équipe du docteur Anthony Atala, de l’université de Fort Wake, en Caroline du Nord (Etats-Unis), le laissent penser. Son équipe a mis au point une méthode pour produire des vessies fonctionnelles par ingénierie tissulaire, qui a fait l’objet d’une publication, le 4 avril, sur le site de la revue britannique The Lancet. La suite

Nous avons en France plusieurs jeunes entreprises positionnées sur ces technologies, je pense par exemple à Celogos fondée par Christian Pinset qui a signé en 2005 un accord stratégique avec la petite pharma française HRA Pharma (40 employés, et des produits sur le marché). Il y a aussi OTR3 (Organ, Tissue, Regeneration, Repair and Replacement), très discret, mais avec un potentiel extraordinaire.

L’article le plus lu ce mois est “Un pays en voie de sous-développement ?“, qui démontre l’état déplorable du Campus Universitaire de Nanterre, vu par le New York Times. Il faut reconnaitre que la situation est dramatique.

Je n’ai pas encore lu le livre de Jean-Robert Pitte, le président de l’université Paris IV - La Sorbonne : “Jeunes, on vous ment“.

Mais j’ai entendu l’auteur sur France-Info. Il critique TRES fortement le système universitaire français. Un système qui sélectionne sans le dire en seconde année, en laissant des centaines de milliers de jeunes sur le carreau. Selon lui, il faut sélectionner ouvertement à l’entrée en première année de l’université.

Jean-Robert Pitte dénonce également le scandale du baccalauréat. Le niveau est trop faible. Il faudrait abandonner l’objectif de 80% de diplômé au Bac.

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A quand la souris bionique pour faire des études physiologique ?

For the first time, scientists at the Max-Planck Institute for Biochemistry in Martinsried near Munich coupled living brain tissue to a chip equivalent to the chips that run computers. The researchers under Peter Fromherz have reported this news in the online edition of the Journal of Neurophysiology. Le communiqué de presse

Extrait d’un article de Futura-Sciences (un site que je lis très très souvent)

Chez les humains, le désir sexuel est-il conditionné par les gènes ? Cette question est le sujet d’un vaste débat, que des chercheurs d’une université de Jérusalem viennent de relancer avec la publication de nouveaux travaux dans la version en ligne du journal Molecular Psychiatry. Selon eux, la réponse est oui.

Ainsi, une variante gène du récepteur D4 de la dopamine et induirait un effet dépressif sur le désir sexuel, tandis qu’une autre aurait exactement l’effet inverse, celui d’augmenter le désir : cette dernière serait le fruit d’une mutation relativement récente, intervenue il y a 50.000 ans chez l’Homo Sapiens. D’après Richard Ebstein, environ 30% de la population porterait la variante « désir renforcé », et environ 60% la version « dépressive ».

Un appel à projet probablement très utile pour aider/détecter des projets en transition entre recherche et développement en cancerologie.

Le problème est que l’on ne sait pas ce que l’on gagne : “le comité de sélection proposera une aide financière“.

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Je viens de découvrir un rapport absolument passionnant (et dense de 67 pages) sur l’entrepreunariat par les scientifiques et les bénéfices économiques induits par le financement de la recherche.

Je vais le lire en détail. Il est téléchargeable ici.

Pour donner un avant goût, voici quelques commentaires des auteurs

“This study reinforces the critical role universities play in a country’s national innovation system, not just in the training of new scientists and accessing the best talent, but in the ease of developing and licensing technology and as a launching ground for new businesses,” said Carl Schramm, president and CEO of the Kauffman Foundation.

“Federal investment in university research has a much bigger impact on the nation’s economy than previously thought,” said Lesa Mitchell, vice president of Advancing Innovation at the Kauffman Foundation. “We are seeing much more commercialization coming out of universities that has not been measured.”

Voici le communiqué de presse complet :

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IDM annonce un accord de marketing exclusif pour le Junovan en Israel.

Bonne nouvelle, notre biopharma (presque encore) nationale anticipe l’autorisation (attendue en 2007) de la FDA et de l’EMEA pour son médicament le plus avancé.

Mais de quoi parle-t-on ? De 36 patients par an, puisque l’ostéosarcome est un cancer très rare avec une prévalence de 5,6 pour 1 million.

36 patients par an, et IDM fait un communiqué de presse.
Pourquoi ?
A cause du marché.

• La tyranie du marché (médical) : il faut avoir une molécule commercialisée sur le marché
• La tyranie du marché (financier) : le Nasdaq veut un pipe-line bien rempli avec une molécule sur le marché

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On savait que le gène de l’enzyme cytochrome P450 1A2 (CYP1A2) est très polymorphique, et que certains allèles sont associés à des risques élevés de pathologie.

L’allèle le plus fréquent, le CYP1A2*1F, est associé à l’adénome colorectal, au cancer du pancréas chez les fumeurs, à l’infarctus du myocarde.

L’équipe du Dr Ahmed El-Sohemy de l’université de Toronto vient de montrer que le risque d’infarctus ne touche que les gros buveurs de café.

Chez les sujets de moins de 59 ans, le risque relatif d’avoir un infarctus, pour les porteurs de l’allèle *1F est de :

0 tasse de café par jour : x1,00
1 tasse de café par jour : x1,24 (0,71-2,18)
2 ou 3 tasses de café par jour : x1,67 (1,08-2,60)
4 ou plus tasses de café par jour : x2,33 (1,39-3,89) < == c'est mon cas

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Ayant une bonne expérience de la gestion de projet en informatique, j’ai souvent pesté contre le manque de culture et de savoir faire de gestion de projet dans les biotech françaises, avec les conséquences évidentes :

• prise de risque importante lors des projets de R&D ou de réalisation
• image très peu professionnelle
• dificulté à convaincre pour signer des partenariats ou des contrats

Plus d’excuse, voici 3 logiciels de gestion de projet open-source (et donc gratuit).

(autres vues d’écran de Open Work Bench, celui que j’ai choisi)

Le Techno Centre Logiciels Libres (TC2L) vient de publier une étude sur les solutions logicielles de gestion de projets (sous licence libre) visant à fournir une vision éclairée des alternatives (libres) à MS Project.

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L’équipe du Dr Jussi Taipale en Finlande a mis au point le logiciel EEL (enhancer element locator) qui identifie les régions du génome où se fixent les facteurs de transcription.

La société deCode a découvert un SNP qui explique 20% des cas de diabète de type 2, et provoque un risque accru de diabète de 45% et 141% selon le nombre de copies présentes. Là où c’est très fort, c’est que la découverte a été confirmée dans trois populations différentes.

Plus de news sur le diabète de type 2, la génomique, la génétique, et tous les autres domaines d’intérêt sur biospace, mon site d’information biotech favori.

Ce qui transforme un test en diagnostic, c’est la sensibilité (faux négatifs) et la spécificité (faux positifs).

Pour faire l’interprétation d’un test, et c’est à dire faire le diagnostic, il faut prendre en compte ces deux paramètres fondamentaux. C’est habituellement le rôle du médecin de faire cette interprétation du test, en s’appuyant sur tous les indices cliniques disponibles. La synthèse par le médecin de toutes les observations et mesures (oscultation, analyse biologique, imagerie, …) est fondamentale en cas de doute, par exemple si le risque de faux positifs est important et risque de provoquer de faux diagnostics.

De ce point de vue, les tests génétiques qui sont sujets à interprétation peuvent-ils être en vente libre pour un auto-test génétique (comme le test de grossesse) ?
Aux Etats-Unis, c’est possible. Et cela fait débat en France.

Bertrand Jordan a publié un article assez virulent contre la mise en vente d’un test de risque de prédisposition génétique de l’autisme aux Etats-Unis par la société Integragen. Il est vrai que la situation, telle que la voit Bertrand Jordan, montrerai un certain cynisme économique au détriment du public et des patients.

J’aimerai bien connaître la position de Jorg Hager, le fondateur de Integragen, à ce sujet. Mon blog lui est ouvert.

C’est tout le système de publication pratiquée en biologie qui est pris en défaut.

Le professeur Hwang Woo-suk aurait perdu, tronqué, voire falsifié les résultats de l’article de Science sur le clonage humain à visée thérapeutique qui avait fait sensation en mai dernier. Pour plus d’info, lire la presse : le Monde, le Monde ou l’Express.

Le Dr Marc Peschanski, chercheur de l’INSERM en pointe dans les thérapies cellulaires à bases de cellules souches (chorée de Huntington), estime que le scandale de cette fraude peut déboucher sur des règles plus strictes de contrôle des résultats.

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Le NIH lance un projet colossal de 1,3 milliard de dollars : la cartographie des variations génétiques dans les cancers.

Pas d’erreur, l’ambition est semblable à celle du projet Génome Humain. Les retombées également.

Je crois qu’il n’existe que 3 médicaments approuvés qui visent spécifiquement des cancers caractérisés par une altération génétique connue. Il s’agit du Gleevec (leucémie myéloïde chronique, translocation 9-22), de l’Herceptin (cancer du sein avec altération du gene HER-2) et de l’Iressa (cancer du poumon avec mutation du gène de l’EGFR). (me corriger si je me trompe)

La prévention, le diagnostic, le traitement du cancer seront de près ou de loin améliorés grâce à ces nouvelles connaissances.

L’objectif est de grosso modo de séquencer plusieurs milliers d’échantillons d’au moins 50 types de cancers.
Puisque le projet sur 9 ans présente encore trop d’inconnues, un projet pilote de 100 millions de dollars sur 3 ans est lancé en 2006. Il s’agira de séquencer 1000 à 2000 gènes de plusieurs centaines de biopsis de 2 ou 3 types de tumeurs. Tout cela reste à préciser.

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Saissisez l’opportunité avant que votre concurrent le fasse !

La Commission européenne a présenté la brochure “100 Technology offers stemming from EU Biotechnology RTD results“, un catalogue de nouvelles biotechnologies issues de projets de recherche financés par l’Union européenne au cours de ces dix dernières années (4e, 5e et 6e programmes cadres).

Ce guide a pour objectif de mettre en rapport les chercheurs et les entreprises, dans l’espoir que ces rencontres aboutiront à une valorisation de produits et processus innovants reposant sur les activités de recherche financées par l’Union Européenne.

Chaque technologie fait l’objet d’une description qui précise, entre autres, son potentiel commercial ainsi que les coordonnées des chercheurs et des propriétaires.

Ces 100 technologies couvrents les domaines suivants :

Tous le détail de ces technologies sont dans le rapport (si problème de lecture, me demander)

Voici la liste des technologies à valoriser :

Biopharmaceuticals

1. Large scale manufacture of mAb in protein free media
2. Improved strategy for the design of chemically defined media for the production of biopharmaceuticals. Establishement of cell banks under protein-free cryopreservation conditions
3. Antibiotic Biosynthesis Enzymes
4. Drug Development by Genome Based Technologies
5. Improved production process for the manufacturing of vaccines
6. ET-743 (Yondelis) a new chemical entity with potential in cancer treatment
7. Non-ribosomal Peptide synthesis

Food Biotechnology

1. Evaluation/validation of novel biosensors in real environmental and food samples
2. Adapted in vitro digestion model
3. Rapid test systems for microorganisms in food, beverages and environment
4. Electrical biochip arrays
5. Microarrays for detection of gene expression in muscle; genes associated with meat quality
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L’INPI enfreint-il le principe fondamental du brevet : la mise dans le domaine public en échange d’une exclusivité d’exploitation temporaire ?

Dit autrement, pourquoi n’est-il pas possible de consulter librement des brevets qui font par définition partie du domaine public !

J’avais cru comprendre que le principe philosophique de la PI est une sorte de contrat entre un inventeur et la société. L’objectif des brevets est de favoriser les développements techniques et industriels en accordant des droits aux inventeurs qui, en échange, divulguent leurs inventions à la communauté. Le système est censé promouvoir la recherche en permettant aux inventeurs de se financer en vendant leurs droits aux producteurs ou en interdisant à d’autres d’exploiter l’invention pendant une durée déterminée.

La divulgation dans le domaine public est donc une condition sine qua non.

Or, en France, il n’est pas possible de consulter librement les brevets de l’INPI sans payer des droits via le site http://www.plutarque.com.

Aux Etats-Unis, il est possible à tous de rechercher dans la base de données de l’USPTO sans restriction, sur le site http://www.uspto.gov/patft/index.html. Une fois un brevet intéressant identifié, il est possible de le lire intégralement et gratuitement. De plus, à défaut d’être beau, le site de l’USPTO a l’avantage d’être simple et EFFICACE. Par comparaison, le site http://www.espacenet.com a des capacités de recherche très très limitées (recherche dans la première page seulement, pas dans la description ou les revendications).

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Alors que José Bové est condamné à 4 mois de prison ferme pour avoir fauché un champs de maïs OGM, je découvre que le Wall Street Journal a publié le 8 novembre un article assez alarmiste sur les contaminations génétiques nombreuses et incontrôlées des espèces naturelles par des gènes issus de plantes génétiquement modifiées (OGM). J’ai retrouvé cet article du WSJ sur un site de fermiers américains pro-OGM.

Le blog de Matt Mullen, spécialisée sur l’AgBio (Biotech Verte), s’est fait l’écho du contre-lobying déclenché par les groupements de biotech pro-OGM.

Dans le même temps, j’apprends que l’ambassadeur des Etats-Unis appelle le Pape Benoit XVI à avoir un point de vue plus ouvert sur les productions agricoles OGM, notamment afin de réduire la faim dans le monde.

Et dans une semaine, le parlement organise les 1ères rencontres parlementaires sur les biotechnologies sur le thème ” Les biotechnologies : un impératif économique national ”. Le débat sur l’impératif économique de lever les blocages des plants OGM en France couvre toute la matinée. Cette rencontre fait suite au rapport de l’Office Parlementaire d’Evaluation des Choix Scientifiques et Technologiques intitulé « Biotechnologies - Place des biotechnologies en France et en Europe » et présentée par M J.-Y. Le Déaut, Député, le 26 janvier 2005. Ce rapport est fortement teinté d’arguments pro-OGM.

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Une configuration spéciale du brouillard au dessus de la Seine m’a permis d’observer les tâches solaires. Activité solaire faible, seulement une grosse tâche visible à 45°, et quelques petites.
L’observation à l’oeil nu n’est pas facile. Habituellement, les meilleures conditions sont à travers une brume de chaleur le soir en été. Il est alors possible de regarder en détail la surface solaire pendant plusieurs minutes. Ce matin, le phénomène n’a durée que 10 secondes environ.

Tout le monde utilise Google.
Les mordus utilisent aussi Google Map, Google Earth, Google News (je suis de ceux-là).
Les geeks essayent dès la sortie Google Base et Google Analytics (j’en suis encore).

Certains scientifiques utilisent Google Scholar. Voici un exemple pas vraiment pris au hasard : mes publications

Apprêtez-vous à découvrir Google Gene. On y retrouve ce sacré Craig Venter.

Merci Paul Kedrosky.

Whaouh !

Le New-York Times explique que l’on vient de retrouver une pierre datant probablement du X° siècle avant JC qui porte une inscription de 22 symboles de l’alphabet hébreu.

Il s’agit de la plus ancienne trace de notre alphabet (aleph-beth-gimel = alpha bétha gamma = A B C) depuis qu’il a dérivé du phénicien.

Et quelle stabilité génétique :
- 3000 ans d’évolution
- de nombreuses mutations faux-sens (graphie des lettres entre l’hébreu, le grec et le latin)
- très peu de mutations sous forme de réarrangement (inversion des lettres E et F)
- quelques insertions (V Q W Z), peu significatives, spécifiques à certains biotopes (pour certaines langues, il a fallu ajouter des lettres, presque toujours des modifications des lettres existantes)
- aucune délétions

Les langues évoluent assez rapidement et recombinent facilement.
Les alphabets sont très stables, mutent peu, ne recombinent presque jamais.

Ca ne vous rappelle pas l’universalité du code génétique, mais des génomes si changeants, même au sein d’une espèce ??

Quel showman !
Au sommet de la vague génomique. Puis de la post-génomique.
Et maintenant les énergies renouvelables biologiques !

Craig Venter, fondateur du TIGR center, fondateur de Celera, premier séquenceur du génome humain (le sien !), a financé l’expédition Sorcerer II qui parcourt les océans du globe afin de collecter et séquencer l’ADN des micro-organismes marins.

Et maintenant, il crée une compagnie Synthetic Genomics qui concoit et produit des usines biologiques, c’est à dire des organismes synthétiques spécifiques de certaines fonctionalités, c’est à dire des bactéries vidées des gènes inutiles et remplies des fonctions d’intérêt.

Un marché est visé, l’énergie, avec en perspective la future crise liée à l’épuisement des énergies fossiles

Avec ses organismes synthétiques, il prévoit de produire de l’hydrogène, de capter les gaz à effet de serre, de produire des carburants alternatifs. Rien que ça.

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