Séquencer 100 génomes humains en 10 jours, ce n’est pas encore faisable. Mais cela vaut 10 millions de dollars
Le site web : http://genomics.xprize.org/
Le communiqué de presse :
X Prize offre 10 millions de dollars séquencer rapidement le génome humain
La fondation X-Prize, célèbre pour son prix Ansari en 2004 destiné à encourager le vol spatial privé, a offert mercredi dix millions de dollars pour des chercheurs capables de procéder à un séquençage rapide et peu onéreux du génome humain comme moyen de prévention des maladies.
C’est l’occasion de relancer la question de la loi de moore en séquençage. C’est la question que je posais dans le tout premier billet de mon blog : Les nanotech seront-elles à l’origine d’une nouvelle loi de Moore en biotechnologie ?
Je voudrais savoir si quelqu’un peu replonger dans ses cahiers de labo ou les catalogues commerciaux des deux dernières décennies pour regarder si les biotechnologies ne profiteraient pas d’une loi exponentielle de croissance technologique.
Le loi de Moore, purement observatoire et historique, vérifiée depuis 4 décennies, constate que le nombre de transistors sur un circuit double tous les 18 mois.
Quand-est-il du nombre de bases de nucléotide séquencés par jour dans un labo de 20 m² ?
S’il existe une loi semblable en biologie moléculaire, elle vient de gagner au moins 10 ans de validité de plus.
En effet, la compagnie américaine 454 Life Science a multiplié par 100 le débit accessible sur un coin de paillasse : 20 000 000 de bases en 4 heures. Lire le communiqué de presse : 454 Life Sciences and Roche Enter Exclusive World-Wide Agreement for Ultra High-throughput Genome Sequencing System
- C’est 20 BAC couverts à 10X, en une journée de manipulation.
- c’est 50 000 runs de 400 paires de bases, soit un transcriptome complet, vraiment exhaustif, en une après-midi.
Heureusement qu’il y a beaucoup de transistors dans nos ordinateurs pour traiter tout ça.
Alors, un volontaire pour se souvenir du débit de séquençage en 1985?
J’ai déjà une réponse : celle de Alain Sarasin, mon Patron de thèse.
Il avait publié un article dans Nature en séquençant des bouts de SV40 avec la méthode de Maxam et Gilbert.
> A l’époque on faisait 100-200 nucléotides fois 2-4
> par nuit et par personne!!
> c’était dans les années 1982
> eh oui
> Amitié
> Alain
Commentaire par Xavier — 5 octobre 2006 @ 11h 50